| Kooli viimast ajalooperioodi võib hakata lugema taasiseseisvumise ajast alates. Tol ajal õppis Kiltsi põhikoolis poolteistsada õpilast üheksas klassikomplektis, keda õpetas 13 õpetajat. |
| Õpilaste arv on olnud viimasetel aastal alla saja: 2005/2006. õ-a – 91 õpilast, 2006/2007.õ-a – 86 õpilast, 2007/2008.õ-a õppis koolis 73 õpilast, 2008/2009.õ-a õppis kevadel 57 õpilast, mis on selle perioodi kõige väiksem õpilaste arv. Alates 1.novembrist 2008 töötas lühiajaliselt direktorin Alar Krull. Alates 2009.aastast on õpilaste arvus ilmnenud mõningast stabiilsust ja suurenemise tendentsi: 2009/2010. õ-a õppis koolis 63 õpilast ja 2010/2011.õppeaastal õppis Kiltsi põhikoolis 64 õpilast. Õppetöö toimus kuues klassikomplektis, pedagooge töötas koolis 15. 2011/2012. õ-a õppis koolis 55 õpilast ja töötas 14 õpetajat. Alates 22.augustist 2011 töötab Kiltsi koolis direktorina Merje Leemets. 2012/2013 õ.-a õppis koolis 57 õpilast ja töötas 15 õpetajat. 2013/2014 õ.-a. õppis koolis 55 õpilast ja töötas 15 õpetajat (enamus osalise koormusega). 2014/2015 õ,-a. õpib koolis 52 õpilast ning töötab 15 õpetajat (enamus osalise koormusega). 2015/2016 õ.-a. õpib koolis 66 õpilast ja töötab 16 õpetajat (enamus osalise koormusega, 2 õpetajat lapsehoolduspuhkusel). 2016/2017 õppeaastal alustas kooliteed 10 õpilas, kokku õppis 74 õpilast. 2017/2018 õppis koolis 71 õpilast. 2018/2019 õppeaastal õppis koolis 69 last. 2019/2020 õppeaasta algas 71 õpilase ja 18 õpetajaga (3 õpetajat lapsehoolduspuhkusel). 2020/2021 õppeaastal õppis 66 õpilast. 2021/2022 õppeaastal koolis 84 õpilast. Tööd alustas sotsiaalpedagoog Helys Teder. 2022/2023 õppeaastal 75 õpilast. 2023/2023 õppeaastal koolis 64 õpilast. |
 1993.aastal asutasid Kiltsi Põhikooli õpetajad Krusensterni nimelise mittetulundusühingu eesmärgiga kaasa aidata hoone renoveerimisele, admirali mälestuse jäädvustamisele ja piirkonna jaoks oluliste projektide käivitamisele. Sisuliselt algas sellest tänaseks päevaks väljakujunenud mõisakoolide liikumine. On rajatud A. J. von Krusensterni mälestustuba, hoones eksponeeritakse ümbermaailmareisi gravüüre, toetatakse loomelaagrite läbiviimist, pargis asub looduse õpperada, korraldatakse konverentse jms. |
| Mõis osaleb aastaid külastusmängus “Unustatud mõisad”, kus turiste teenindavad giididena Kiltsi kooli õpilased ja vilistlased. |
 Samal perioodil on toimunud suured muutused kooli materiaal-tehnilise baasi loomisel ja olemasoleva renoveerimisel.Esimesed suuremad renoveerimistööd algasid 1995.aastal. Tookordsete tööde käigus vahetati välja tiibhoonete katused ja sarikad, ehitati välja mõlema tiibhoone klassiruumid, peahoone vestibüül ja garderoobid. Samuti vahetati välja peahoone elektrisüsteemid ja läks käiku automaatrežiimil töötav katlamaja. Sel perioodil said peahoonesse ka duširuumid koos riietusruumidega. Nende töödega kaasnesid täielikud arheoloogilised uuringud, avastati hulgaliste värvikihtide alt algsed maalingud. |
 2008. aastal, kui Norra finantsmehhanismist leidis rahastamist Kiltsi mõisakooli rekonstrueerimise projekt, algasid mõisahoones ulatuslikud tööd. Projekt nägi ette peahoone täielikku rekonstrueerimist. Siinkohal tasub märkida, nii ulatuslik renoveerimine toimus viimati umbes sajand tagasi, kui 1912.a ehitati välja mõisa keskküttesüsteem.Viimase renoveerimise käigus on arvestatud kõikide muinsuskaitsenõuetega. Vastavalt projekti tingimustele peab koolipidaja neis ruumides pidama kooli pärast ruumide üleandmist veel vähemalt kümme aastat. Remonditööd lõppesid mõisas 2010. a. sügisel. |
 Kool on renoveeritud ruumide näol saanud juurde soklikorruse võimlemisruumid, keskaegse keldri näituseruumid, I korruse õppeköögi, garderoobi, II korruse kolm klassiruumi, raamatukogu, III korruse tervise- ja huvitoa.Lisaks kooli põhitööle – õppetöö läbiviimisele – on võimalik neid ruume kasutada multifunktsionaalselt, st konverentside, koolituste, pidustuste jmt läbiviimiseks. See annab hoone majandamiseks rahalisi vahendeid.  Nende suuremahuliste tööde järel võib öelda, et koolis pole nii häid töötingimusi varem olnud. |